Dass der Kofferraumdeckel nicht verzogen ist, wirst Du geprüft haben.
Maßgeblich ist zunächst ein sehr gut passender, gleichmäßiger Spalt zum Heckscheibenrahmen und eine zur Heckscheibenunterkante parallele Ausrichtung, das lässt sich über die Befestigung der Scharniere prima einstellen.
Wenn dann die Seitenwände hinten nicht symmetrisch zur Heckklappe stehen, sind die vielleicht nach einem Unfallschaden oder warum auch immer verzogen. Wenn der Kofferraumboden raus ist, sind die sehr leicht beweglich.
Da musst Du hin. Du musst dann auch sehen, dass die Abstände rundum gleich sind, denn sonst kann die Dichtung später nicht ihre Funktion erfüllen und Du hast Wasser im Kofferraum und Abgasgeruch im Auto.
Gruß
Wolfgang